Das Hauptquartier ist der operative Teil des NATO Airborne Early Warning & Control Programme, das von der NATO AEW&C Programme Management Organisation (NAPMO) geführt wird. Es ist für die operative Führung verantwortlich, dies beinhaltet die Planung des Routinetrainings, Teilnahme an internationalen Übungen und den Einsatz der Force für NATO-Operationen weltweit. Darüber hinaus ergeben sich aus dem Betrieb der multinationalen E-3A-Flotte zusätzliche Verantwortlichkeiten, wie die Ausbildung der Besatzungen, die Logistik, die Flugtüchtigkeit der Flugzeuge, die Flugsicherheit, sowie die jährliche Haushalts- und Infrastrukturplanung.