Ziel des Zentrums für Islamische Theologie ist es, der wachsenden Pluralität religiöser Bekenntnisse in Deutschland Rechnung zu tragen und zur Ausbildung des dringend benötigten wissenschaftlichen Nachwuchses auf dem Gebiet der bekenntnisorientierten Beschäftigung mit dem Islam beizutragen, sowie die Islamische Theologie in Deutschland zu etablieren, wie es der Wissenschaftsrat in seinen „Empfehlungen zur Weiterentwicklung der Theologien und religionsbezogenen Wissenschaften an deutschen Hochschulen“ vom Januar 2010 rät.