Im Zentrum Cyber-Operationen werden die heute erforderlichen, spezifischen Fähigkeiten zur Vorbereitung und Durchführung von militärischen Operationen zur Aufklärung und Wirkung in einer Dienststelle gebündelt. Darüber hinaus werden Beiträge zum Schutz der eigenen IT-Systeme in neuer Qualität geliefert. Kernauftrag des ZCO ist das Planen, Vorbereiten, Führen und Durchführen von Operationen zur Aufklärung und Wirkung sowohl im Rahmen der Landes- und Bündnisverteidigung als auch in mandatierten Einsätzen der Bundeswehr.